Les incidents survenant sur des installations industrielles ou des accidents en liaison avec des substances dangereuses pour les eaux peuvent avoir un impact transfrontalier de grande portée sur les cours d’eau et entraîner notamment une restriction de leur utilisation pour l’approvisionnement en eau potable ou en eaux industrielles ainsi qu’une dégradation de l’écosystème aquatique.

Malgré toutes les mesures préventives , il peut arriver que des eaux contaminées par des substances polluantes se déversent  dans un cours d'eau. Il y a alors urgence. Il s'agit avant tout d' avertir les autorités situées à aval. Pour se  prémunir, les CIPMS ont mis en place en 1986 un Plan International d'Avertissement et d'Alerte pour les bassins de la Moselle et de la Sarre.

Les activités des Commissions portent également sur la prévention des pollutions accidentelles. Ainsi, lors de leur assemblée plénière en 1995, elles ont, par exemple, émis des recommandations à leurs Etats membres concernant les mesures de prévention pour le stockage d'huiles et d'hydrocarbures dans des zones inondables et/ou susceptibles d'être immergées.